El club no va deixar de patir censura i problemes durant la dictadura:

Degut a la seva inscripció per participar de la fallida Olimpiada Popular, sumat a que a l'any 1936 va jugar un partir contra el Gladiador (un altre equip del barri) en benefici de les victimes del feixisme, al finalitzar la Guerra Civil, la Federació Catalana de Futbol va aprovar la creació d'una comissió gestora per tal de dirigir el club.

Al 16 de setembre de 1940 una comunicació de la Federació Catalana de Futbol sanciona un jugador, Santiago Marco, a no jugar més per haver format part de l'Ejército Rojo.

A l'octubre de 1941 es va impossar el canvi de nom castellanitzant-lo com a Club Atlético Pueblo Nuevo.

A principis de 1942, la Federació davant la petició formulada per la Unió Esportiva Poblenou, va fer que el club canvies de nou el seu nom pel de Club Atlético Castillejos, un nom que es perllongà fins a l'any 1947.